Багиров был задержан в Кишиневе 16 июня 2011 года, а затем арестован. Ему инкриминировалось участие в организованной преступной группе в ходе массовых протестов в Кишиневе в апреле 2009 года, когда были разгромлены здания администрации президента и парламента в Кишиневе. После ноты протеста МИД РФ Багиров был отпущен решением суда Центрального района Кишинева от 13 октября под домашний арест.

Обвиняемый проходит по статьям "организованная преступная группа" и "массовые беспорядки". Они предполагают наказание в виде лишения свободы на срок от четырех до восьми лет.

Багиров, содержавшийся под домашним арестом в Кишиневе, 18 октября прошлого года исчез, а на следующий день, уже находясь в Москве, сделал ряд заявлений в интернет-СМИ. Он был объявлен в международный розыск 19 октября. Представители правоохранительных органов России заявили, что, в соответствии с законами РФ, Багиров не будет выдан молдавским властям.

Суд сектора Буюкань принял решение продолжать судебное разбирательство по делу Багирова без участия подсудимого. Следующее слушание по делу Багирова состоится в районном суде сектора Буюкань 21 мая.